O CEDIS tem sido essencialmente financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT), mas também tem tido a colaboração de outras instituições nas suas atividades.
Até ao ano de 2011, o CEDIS recebia o seu financiamento no âmbito do Programa de Financiamento Plurianual de Unidades de I&D da Fundação para a Ciência e Tecnologia.
A partir de 2011, e face às alterações introduzidas pela FCT, o financiamento do CEDIS passou a ser feito através de um Plano Estratégico, que se regia pelo Regulamento de acesso a financiamento de projetos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico, concebido para o biénio 2011-2012. A partir de 2013, o CEDIS se submeteu a um processo de avaliação regido pelo Regulamento de Avaliação e Financiamento de Unidades de Investigação (2013), logrando em obter um financiamento de 44.583,00€ para os anos de 2014 e 2015, 196.905,00€ para o período 2015-2018 e 52.508,00€ para o projeto intercalar de 2019.
Atualmente, encontra-se vigente o Regulamento de Avaliação e Financiamento de Unidades de Investigação (2017/2018), que conferiu ao CEDIS a classificação de “Muito Bom” e um financiamento total de 609.000€ para o quadriênio 2020-2023, além da possibilidade de atribuir 5 Bolsas de Investigação para Doutoramento a serem financiadas pela FCT.
Não obstante o financiamento recebido através da FCT, o CEDIS pode receber financiamento de entidades externas, de cariz público ou privado, nomeadamente, mas não só, através da celebração de contratos ou protocolos.